Deus Ex: Menneskeheten delt følger direkte etter
av august hendelsen, en dag når mekanisk utvidet borgere over hele verden ble frastjålet kontroll over deres sinn og legemer, resulterer i drapet på millioner av uskyldige. Året er nå 2029, og den gylne æra av augmentations er over. Mekanisk utvidet mennesker har vært ansett utstøtte og isolert fra resten av samfunnet. Kriminalitet og terrorhandlinger tjene som et tynt slør å dekke opp en overordnet konspirasjonen som kontrollerer fremtiden til menneskeheten...