Kaffe fremmer avføring takket være en kombinasjon av koffein og andre bioaktive stoffer som stimulerer nervesystemet og tarmens glatte muskler. Økt tarmmotilitet, sammen med støtte til produksjon av magesyrer og galle, akselererer passering av mat gjennom fordøyelseskanalen. Denne effekten kan oppstå kort tid etter å ha drukket kaffe og er mer uttalt hos mennesker som drikker det mindre regelmessig.