Deus Ex: Mensheid Divided volgt direct de nasleep
van het Incident Aug, een dag wanneer mechanisch augmented burgers over de hele wereld werden ontdaan van controle over hun gedachten en organen, resulterend in de dood van miljoenen van onschuldigen. Het is nu 2029, en het gouden tijdperk van augmentations is voorbij. Mechanisch augmented mensen werden geacht verschoppelingen en gescheiden van de rest van de samenleving. Misdaad en terroristische acties dienen als een dunne sluier ter dekking van een overkoepelende samenzwering die gericht zijn op het beheersen van de toekomst van de mensheid...